强化查办腐败案件以上级纪委领导为主，是提高纪委查办案件独立性，破解同级监督难题的关键所在。当前，相关改革正在积极推进，但一些瓶颈问题长期存在，需要在改革中着力解决。
一是案件线索“上不来下不去”。为了排除下级纪委办案遇到的阻力和干扰，防止重要线索流失，不少纪委实行了案件线索“下管一级”。但是，一些下级纪委担心家丑外扬或线索“失控”，一旦查实影响本地区或单位形象，不愿把线索上报，线索“上不来”的问题一定程度存在。此外，上级纪委对收到的部分案件线索，会转交下级纪委查办，但一些下级纪委出于种种考虑，不愿接“烫手山芋”，以各种理由推脱，线索“下不去”的问题也一定程度存在。
二是独立初核权“名不副实”。按照有关规定，纪律检查机关对违纪线索是否初核具有独立决定权，只有部分重要案件立案时才需要征求同级党委意见，但现实情况是，一些纪委不愿“当家作主”，收到违纪线索即向党委或有关主要领导报告，是否初核也要征求意见，丧失了独立初核权。即使上级纪委对此作出明确指示，下级纪委慑于人财物的属地管理，宁愿“独善其身”，也不肯履职尽责。
三是下级纪委易受“夹板气”。查办案件工作是一项复杂的系统工程，下级纪委在遇到问题时，如果和上级纪委、同级党委之间缺少畅通的沟通渠道，就容易成为左右为难的“小媳妇”，受“夹板气”也就在所难免。实践中，有的简单以一方意见否定另一方意见，把办案做成“夹生饭”；有的在中间“打太极”，对查办案件形成“掣肘”；还有的“一筹莫展”，办案工作停滞不前。
四是界限不清导致“交叉”和“空白”地带。一些政府机关、企事业单位实行“双重管理”、“垂直管理”体制，行政管理权限在本单位或系统，但党组织关系为属地管理，“党政分管”衍生出党员干部违纪问题谁来管、谁牵头、如何管的问题。另外，纪检机关监督范围“点与线、线与面”的关系比较复杂，管机关还是管系统、管业务还是管全面的问题经常不明确，如机关工委与各机关、党委政法委与政法机关、党委宣传部与宣传系统单位、各级司法机关的纪检部门之间是否属于领导关系不明确。有的还存在多重领导问题，导致上级纪委领导下级办案或者名不正言不顺，或者剪不断理还乱。
五是上级纪委领导办案“心有余而力不足”。各级纪委不仅要办理本级管辖干部案件，还要监督检查下级纪委有关工作，指导案件查办，任务繁重，难免顾此失彼。此外，实践中还存在工作方法不当的问题，如有的上级纪委“包办”代替，指导变直办，没有发挥下级纪委的工作积极性；有的“蜻蜓点水”，指导变指点，不能有效解决实际问题。
上述问题的存在，既源于认识方面的不足，也源于体制方面的漏洞。笔者在此提几点具体的工作建议，以期对解决问题有所裨益。 一要建立既能“上得来”，又能“管得住”的线索管理机制。应紧紧依托中央纪委报送案件线索平台，进一步在细节方面下功夫。一方面，要科学设计报送软件，对问题线索“即收即录、实时报送”，并保证线索录入系统后不可更改，减少人为操作。另一方面，要加强管理监督，对上报的重要案件线索可改备案监管为事前决策，做到管理关口前移；不定期对线索工作开展检查，对存在的问题要及时提醒、督促整改，对故意瞒案不报、压案不查的，要追究有关人员责任，保障责任落地。 二要把独立初核作为落实“两个责任”的重要抓手。初核是查办案件的前沿阵地，党委是否支持、纪委能否独立进行，直接检验党风廉政建设主体责任和监督责任的落实。对党委而言，既要坚决支持纪委对违纪线索开展初核调查，也要对纪委不初核就请示的做法“说不”。对纪委而言，既要将初核工作“做大、做强”，使之成为查办案件牢不可破的基座，也要勇于担当，敢于对党委不当干预“说不”。上级纪委可以通过初核率、成案率来考核督促下级纪委做好初核工作。 三要转变思想认识，变双重压力为动力。下级纪委应清醒地认识到，上级纪委的压力未必是强制，同级党委的压力未必是阻力。同时，还要学会“两条腿走路”，即“坚持原则＋善用智慧”。坚持原则就是要守住底线，唯此才可以运用政策、把握节奏、妥善处理等。善用智慧既包括善用政治智慧，也包括善用办案智慧。总之，下级纪委应多发挥自身主观能动性，少找客观原因，转压力为动力，使查办案件工作有序平稳进行。 四要强化属地管理，逐步厘清领导体制中的“点线面”。为了强化查办案件以上级纪委领导为主，结合纪检监察体制现状、力量分布、专业化程度，“党政分管”的情况应以属地管理为主，即以中央纪委及各省区市纪委作为领导办案工作的主体，牵头抓总，以党纪案件查办带动政纪案件处理。对管系统的单位，如国资委、教工委、宣传部等，应明确其纪检部门对各自系统办案工作的领导，以点带面；对司法机关、各委办局机关，应以上级纪委领导为主，而机关纪工委、政法委纪检部门等可以作为协调部门发挥应有作用。五要明确分工、合理布局，努力实现上级纪委领导下级纪委办案效率的最大化。上级纪委对自办案件与领导下级办案应两手抓、两手都要硬，做到整体推进与局部突破相结合。一要做到督办与工作督导相结合，加强重要案件线索管理，帮助下级做好分析排查，确定查办案件重点，并通过工作例会、约谈等方式督导下级纪委办案。二要做到督办与个案指导相结合，针对下级纪委查办有难度、有阻力的案件，可采取听汇报、派员参办等方式，帮助其突破案件。